TÜBİTAK BİLGEM ile Şehir Üniversitesi ortaklığı çerçevesinde 2013 yılından itibaren Şehir Üniversitesi Bilgi Güvenliği Mühendisliği Yüksek Lisans Programına öğrenciler kabul edilmektedir. Ülkemizin nitelikli siber güvenlik uzmanları yetiştirmesine önemli bir katkı sağlayacak programda siber güvenlik ve kriptoloji ana dallarına ait dersler TÜBİTAK BİLGEM'de çalışan alanında uzman okutmanlar tarafından verilmektedir. Programda yer alan dersler günümüz siber güvenlik uzmanlık ihtyiaçları göz önünde bulundurularak hazırlanmıştır. Bu anlamda siber güvenlik alanında yüksek lisans programı açmak isteyen diğer üniversitelere de örnek teşkil etmektedir.
Program özellikle kamu kurumlarında ve özel sektörde bilişim sistemlerinin güvenliğini sağlamakla sorumlu personelin bilgi birikimini arttıracak niteliktedir. Bu sebeple Şehir Üniversitesi ile kurumsal seviyede anlaşmalar yapılarak personelin yönlendirilmesi mümkün olabilmektedir.
2017-2018 yılında program bünyesinde açılan dersler aşağıda listelenmektedir:
- Kriptolojiye Giriş
- Siber Güvenliğe Giriş
- Akıllı Kart Uygulamaları
- Bilgi Teknolojileri Proje Yönetimi
- Biyometrik Sistemler ve Kimlik Doğrulama
- Bilgi Edinme Tekniklerine Giriş
- Siber Güvenlikte Makine Öğrenmesi
- BlokZinciri ve Dijital Paralar
- Zararlı Yazılım Analizi
- Sızma Testleri ve Güvenlik Denetlemeri I
- Sızma Testleri ve Güvenlik Denetlemeri II
- Yazılım Güvenliği
- Kablosuz Ağlarda Güvenlik ve Mahremiyet
- Kritik Kimlik Doğrulama Alt Yapıları ve Uygulamaları
- E-Imza Uygulamaları
- Bilgi Güvenliği Yönetimi
- Bulut Bilişimde Güvenlik ve Mahremiyet için Kriptografi
- Kriptografik Protokoller
- Güvenli İmplementasyon ve Yan Kanal Analizi
